Violeta Villar Liste
El Dr. Alexander Martínez, jefe del Departamento de Investigación en Genómica y Proteómica del ICGES, adelantó que se está culminando el primer borrador del genoma
El Departamento de Investigación en Genómica y Proteómica del Instituto Conmemorativo Gorgas de Estudios de la Salud (ICGES) realiza la secuenciación genómica de los dos primeros casos de viruela del mono en Panamá, proceso que esperan completar la próxima semana.
El Dr. Alexander Martínez, jefe del Departamento de Investigación en Genómica y Proteómica del ICGES, adelantó que se está culminando el primer borrador del genoma.
Es un virus grande, con 200,000 pares de base, por lo cual requiere mayor cantidad de muestras, detalló.
De acuerdo con la Organización Mundial de la Salud (OMS), se trata “de un virus de ADN bicatenario con envoltura que pertenece al género Orthopoxvirus de la familia Poxviridae”.
Hay dos clados distintos del virus: el clado centroafricano (cuenca del Congo) y el clado de África occidental. La del Congo produce una enfermedad más grave.
El Dr. Martínez dijo que en la región circula el de África occidental.
El experto explicó que la secuenciación genómica de estos dos casos de viruela del mono detectados en Panamá, permitirá tener una información más clara y evidenciar si existen cambios puntuales que aporten al conocimiento general del virus.
El Dr. Martínez intervino como invitado especial del Proyecto Mesoamérica para conversar en sesión virtual sobre la Experiencia del Instituto Gorgas como Centro Regional de Vigilancia Genómica de SARS-COV 2.
El Proyecto Mesoamérica se define como “un programa mesoamericano de integración y desarrollo que potencia la complementariedad y la cooperación entre los países de la región (Belice, Colombia, Costa Rica, El Salvador, Guatemala, Honduras, México, Nicaragua, Panamá y República Dominicana)” con la misión de mejorar sus capacidades.
¿Por qué es importante la vigilancia genómica de los microorganismos?
El Dr. Alexander Martínez, en una didáctica exposición, explicó que los microorganismos causantes de las distintas patologías están en el ambiente. Los seres humanos interactúan con el entorno y además se presenta una alta movilidad en el mundo que lleva a la migración de estos virus.
En un día “ocurren 10 millones de replicaciones” y, por otra parte, documenta, “se produce un promedio de una mutación por genoma replicado”.
La vigilancia genómica permite dar respuestas que parecen sencillas, pero son de gran impacto en las políticas públicas: de dónde vienen, cuál es el foco de infección o dónde circularon antes.
El especialista señaló que la tendencia actual es a la vigilancia en tiempo real para conocer el patógeno y su genoma, con buena calidad, y así poder desarrollar un diagnóstico acertado y, por ejemplo, vacunas, como ocurrió con COVID-19.
Panamá y el desarrollo de sus capacidades
El jefe del Departamento de Investigación en Genómica y Proteómica del ICGES detalló los pasos de Panamá en el desarrollo de sus capacidades de vigilancia genómica, que inició con un laboratorio de secuenciación, participación en paneles de proficiencia, hasta lograr capacidad de análisis bio-informática y ahora avanzar hacia la descentralización, al instalar laboratorios en el interior del país.
En 2017 el ICGES inició con una plataforma de primera generación para secuenciación de VIH e influenza.
En 2018 se migra a una secuenciación de segunda generación. Aumenta la capacidad de procesamiento de muestras para el genotipaje de VIH y colaboración con los departamentos de Virología y Entomología.
En 2019 la secuenciación es más rápida gracias a la instalación de servidores de análisis bioinformáticos en el Departamento.
2020 será un año crucial: ya con la pandemia en ciernes, y gracias al apoyo de instituciones como JICA, se logra mejorar la capacidad con la adquisición de cinco equipos adicionales para hacer más análisis de muestra y generar resultados al alcance de los tomadores de decisiones.
Integran el equipo de trabajo de secuenciación:
Magíster Claudia González
Magíster Oris Chavarría
Licenciada Jessica Gondola
Licenciada Ambar Moreno
En 2021, el Instituto Gorgas comienza a trabajar de lleno con la Organización Panamericana de Salud (OPS) como laboratorio regional de vigilancia genómica de coronavirus, integrado a la Red Regional de Vigilancia Genómica de COVID-19 (COVIGEN).
Ahora, cuentan con tres secuenciadores de nueva generación gracias a la articulación de alianzas. Ver la secuencia completa de este proceso:
Ahora, como parte de la descentralización de la vigilancia genómica, se suman Darién, Divisa y Chiriquí con la tarea de lograr información precisa y en tiempo real de los patógenos en circulación.
La solidaridad de la ciencia
Por iniciativa de la Organización Panamericana de la Salud (OPS) se creó la Red Regional de Vigilancia Genómica de COVID-19, la cual reúne la participación de 26 laboratorios de la región que además apoyan a los países que no cuentan con la capacidad técnica.
Panamá es laboratorio de referencia de la Red desde mayo de 2021. También participan México, Costa Rica, Colombia y Brasil.
El trabajo de la red ha permitido, al 8 de agosto de 2022, contar con 420,486 secuencias del virus del SARS-CoV-2, ingresadas a la plataforma GISAID, plataforma de acceso abierto a datos genómicos.
Panamá, como laboratorio de referencia, ha dado apoyo a Guatemala, Honduras, El Salvador, Belice y Guyana.
El Dr. Martínez señaló que este esfuerzo colaborativo ha hecho posible que la región diera un aporte significativo en secuenciación genómica. Panamá destaca entre los países que han producido mayor cantidad de data.
De igual modo, el Departamento de Investigación en Genómica y Proteómica del ICGES ha colocado su experiencia al servicio de otros países, al ofrecer entrenamientos para que los laboratorios puedan hacer su secuenciación de manera local.
Han dado apoyo a República Dominicana, Nicaragua, El Salvador y Honduras en materia de secuenciación genómica y análisis bioinformático.
Por otra parte, parte del equipo se encuentra en entrenamiento en Sudáfrica para ampliar el conocimiento del virus.
El Dr. Martínez concluye que el ICGES ha creado “una plataforma para la producción y análisis de datos genómicos de diferentes microorganismos de interés en salud pública”, con lo cual se brinda información oportuna para la toma de decisiones clínicas y epidemiológicas.
Resaltó el apoyo de la OPS, de instituciones públicas y el sector privado y de un equipo humano que han hecho la diferencia, desde la ciencia, en beneficio de la humanidad.
Violeta Villar Liste
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